Le micotossine sono sostanze tossiche di origine naturale, prodotti del metabolismo secondario di alcune muffe, in particolare dei generi Aspergillus, Penicillium e Fusarium. Gli alimenti che più spesso risultano contaminati da micotossine, come è facile evincere consultando il portale RASFF (Rapid Alert System for Food and Feed europeo), sono la frutta secca ed essiccata (pistacchi, mandorle, arachidi, fichi secchi etc.), i cereali (mais, frumento, segale, orzo etc., e i prodotti a base delle loro farine) e altri alimenti quali cacao, caffè, uva e vino, etc. Le micotossine ad oggi conosciute sono alcune decine, e solo per una parte di esse sono presenti riferimenti legislativi. Alcuni importanti problemi che si riscontrano nel corso delle analisi di laboratorio per determinarne la presenza sono i seguenti:
- lo sviluppo delle muffe micotossinogene nelle derrate alimentari è puntiforme, con zone altamente contaminate e altre no (per esempio in una nave cisterna che trasporta granella di cereali, vi sarà sviluppo di muffe concentrato in certe zone), per cui è molto difficile fare un campionamento rappresentativo;
- trattandosi di sostanze estremamente tossiche, alcune di loro hanno limiti di legge molto bassi (nell’ordine dei pochi ppb ovvero µg/kg), per cui occorrono metodi estrattivi e strumentali molto efficaci e sensibili per analizzarle;
- molte micotossine hanno la capacità di legarsi ai componenti degli alimenti, salvo poi tornare in forma libera durante la digestione ed esplicare il loro effetto tossico sull’organismo umano; a causa di questo possono risultare in parte “mascherate” e di conseguenza essere potenzialmente sottostimate nel corso delle analisi.
Gli effetti tossici acuti, sia negli animali che nell’uomo, si hanno solo in caso di quantità piuttosto elevate; molto più spesso si assiste ad effetti cronici, tra cui anche cancerogenesi. La quantità di tossine presente nelle derrate dipende da numerosi fattori, poiché lo sviluppo fungino è legato al verificarsi di favorevoli condizioni di tempo, temperatura ed umidità. Per quanto riguarda per esempio la contaminazione dei cereali, in alcune zone geografiche o in alcune annate, caratterizzate da forte umidità, si ha uno sviluppo notevole delle muffe con conseguenti livelli elevati di micotossine nel raccolto. 
Per esempio in Europa in alcune annate vi sono percentuali fino al 40-50% di raccolti contaminati. In decenni precedenti (per esempio anni ’90) tali percentuali erano a volte ancora più elevate, con positività che hanno raggiunto in alcune annate l’80-90% dei campioni esaminati per alcune micotossine particolarmente diffuse su alcuni cereali sensibili (per esempio la micotossina deossinivalenolo è la più diffusa, in Europa e in Italia, sul frumento)(1). La comprensione e la prevenzione dei meccanismi che portano allo sviluppo delle muffe micotossinogene, con conseguente miglioramento delle pratiche agronomiche e di stoccaggio dei cereali, hanno permesso negli anni di diminuire sensibilmente le positività, pur continuando a presentarsi alcune annate particolarmente critiche.
